轉(zhuǎn)基因食品是否會對人體健康造成“潛在的傷害”，直到今天還存在巨大爭議和懸念。從事生物安全的專家，對被破壞又重建的基因鏈剛剛提出質(zhì)疑，從事生物技術(shù)的科學(xué)家就會用另外一整套數(shù)據(jù)予以反駁。 英國的一位研究人員最先公布的實驗結(jié)果說：用含有轉(zhuǎn)基因的馬鈴薯飼養(yǎng)大鼠，引起了大鼠器官生長異常、體重減輕、免疫系統(tǒng)遭到破壞。實驗結(jié)果立即引起轟動，英國公眾對轉(zhuǎn)基因食品的安全性紛紛表示懷疑。但是不久，英國皇家學(xué)會在專門對此組織的評審中，卻對這項實驗指出6條缺陷：不能確定轉(zhuǎn)基因和非轉(zhuǎn)基因馬鈴薯的化學(xué)成份有差異；對食用轉(zhuǎn)基因土豆的大鼠，未補充蛋白質(zhì)以防止饑餓；供試動物數(shù)量少，飼喂幾種不同的食物，且都不是大鼠的標準食物，缺乏統(tǒng)計學(xué)意義；試驗設(shè)計差，未作雙盲測定；統(tǒng)計方法不當；試驗結(jié)果無一致性等。

2002年，英國《自然》和美國《科學(xué)》雜志又陸續(xù)報道：紐卡斯爾的研究人員發(fā)現(xiàn)，轉(zhuǎn)基因食品中的DNA片段可以進入人體腸道中的細菌體內(nèi)，這似乎證明腸道的菌群會對抗生素產(chǎn)生抗性。英國食品標準協(xié)會為此做了關(guān)于轉(zhuǎn)基因食品安全的第一個人體實驗———哈里·吉爾伯特等學(xué)者給12名健康志愿者和7名手術(shù)切除部分結(jié)腸的志愿者，吃了含轉(zhuǎn)基因大豆的漢堡包和牛奶冰激凌食品。結(jié)果發(fā)現(xiàn)：健康者的糞便中沒有發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)基因大豆的轉(zhuǎn)基因。但是，在那些切除過結(jié)腸的受試者的糞便中，確實發(fā)現(xiàn)了3.7％的大豆轉(zhuǎn)基因，這一結(jié)果提示：有極小量的細菌攝入了大豆轉(zhuǎn)基因。但這一數(shù)據(jù)沒有受到研究人員的重視，他們肯定地說，沒有任何證據(jù)證明這種轉(zhuǎn)基因的漂移對人有副作用。英國皇家協(xié)會的研究指出基因食品可能帶來過敏等不良癥狀，而且對兒童和嬰兒的危險尤其大。國際上許多國家和環(huán)保團體都呼吁對基因食品進行標簽，進而停止轉(zhuǎn)基因生物的商業(yè)性釋放。

在中國，科學(xué)家們對轉(zhuǎn)基因的安全也涇渭分明地分為兩派，中國農(nóng)業(yè)大學(xué)校長陳章良接受采訪時說，“我是一個堅決支持轉(zhuǎn)基因的人。轉(zhuǎn)基因食品美國已經(jīng)吃了6年，我們已經(jīng)吃了3年，沒有見過有一個人吃了有什么不好的結(jié)果。中國大豆的50％是進口的轉(zhuǎn)基因大豆，它們主要來自于美國和阿根廷，這些大豆主要用來榨油。我們吃的豆油、豆腐、豆?jié){等等，其實都是轉(zhuǎn)基因的，我們一直在吃，但并沒有什么問題。”。我國中科院《科學(xué)新聞》發(fā)表的一篇文章，將轉(zhuǎn)基因食物“可能”對人類健康的危害總結(jié)為三點：一，轉(zhuǎn)基因作物中的毒素可引起人類急、慢性中毒或產(chǎn)生致癌、致畸、致突變作用；二，作物中的免疫或致敏物質(zhì)可使人類機體產(chǎn)生變態(tài)或過敏反應(yīng)；三，轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品中的主要營養(yǎng)成份、微量營養(yǎng)成份及抗營養(yǎng)因子的變化，會降低食品的營養(yǎng)價值，使其營養(yǎng)結(jié)構(gòu)失衡。到目前階段，對轉(zhuǎn)基因安全性的一個比較客觀的評價是：這是一個無法證實也無法證偽的命題。